COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 4.623946 4.623946 6.193025
2021-05-24 17:00:00 7.429066 7.429066 6.342504
2021-05-23 17:00:00 6.192358 6.192358 6.485357
2021-05-22 17:00:00 5.620896 5.620896 6.567368
2021-05-21 17:00:00 6.482149 6.482149 6.704146
2021-05-20 17:00:00 7.271046 7.271046 6.854546
2021-05-19 17:00:00 6.389102 6.389102 7.008904

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 2.962963 2.962963 5.423952
2021-05-24 17:00:00 5.281690 1.409774 5.268058
2021-05-23 17:00:00 6.390977 6.390977 5.410107
2021-05-22 17:00:00 11.149826 11.149826 5.566980
2021-05-21 17:00:00 7.419712 7.419712 5.851653
2021-05-20 17:00:00 5.865658 5.865658 5.972927
2021-05-19 17:00:00 6.159110 6.159110 6.254630

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 10.288066 10.288066 12.795574
2021-05-24 17:00:00 3.448276 12.240185 12.336631
2021-05-23 17:00:00 11.692308 11.692308 12.751668
2021-05-22 17:00:00 14.757709 14.757709 13.107664
2021-05-21 17:00:00 14.761905 14.761905 13.499174
2021-05-20 17:00:00 12.240185 12.240185 13.809089
2021-05-19 17:00:00 13.163065 13.163065 14.283656

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 3.840925 3.840925 6.215845
2021-05-24 17:00:00 5.733006 2.753737 6.127112
2021-05-23 17:00:00 6.490952 6.490952 6.344382
2021-05-22 17:00:00 6.333596 6.333596 6.419390
2021-05-21 17:00:00 9.270795 9.270795 6.577810
2021-05-20 17:00:00 11.998175 11.998175 6.822528
2021-05-19 17:00:00 7.658717 7.658717 7.055409

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 5.516685 8.248116 6.595669
2021-05-24 17:00:00 19.599218 6.250653 6.756084
2021-05-23 17:00:00 6.525353 6.525353 6.969651
2021-05-22 17:00:00 5.636472 5.636472 6.962552
2021-05-21 17:00:00 6.096506 6.096506 7.129285
2021-05-20 17:00:00 8.745452 8.745452 7.244681
2021-05-19 17:00:00 5.835788 5.835788 7.340678

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 6.945643 14.214840 14.907064
2021-05-24 17:00:00 25.609756 25.609756 15.048197
2021-05-23 17:00:00 13.230088 13.230088 15.108187
2021-05-22 17:00:00 10.695187 10.695187 15.101553
2021-05-21 17:00:00 19.807692 19.807692 15.302262
2021-05-20 17:00:00 18.627057 18.627057 15.737220
2021-05-19 17:00:00 11.322057 11.322057 15.964686

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 2.439024 2.439024 2.710504
2021-05-24 17:00:00 0.468384 2.823180 2.741293
2021-05-23 17:00:00 2.211127 2.211127 2.770320
2021-05-22 17:00:00 2.380952 2.380952 2.830834
2021-05-21 17:00:00 3.064516 3.064516 2.859284
2021-05-20 17:00:00 3.261734 3.261734 3.018999
2021-05-19 17:00:00 3.036876 3.036876 3.133858

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 2.464789 2.464789 3.066793
2021-05-24 17:00:00 5.368634 2.213127 3.060778
2021-05-23 17:00:00 3.967720 3.967720 3.113126
2021-05-22 17:00:00 3.135314 3.135314 3.170329
2021-05-21 17:00:00 3.569804 3.569804 3.257801
2021-05-20 17:00:00 3.884171 3.884171 3.334403
2021-05-19 17:00:00 2.917971 2.917971 3.412634

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 2.485457 2.485457 3.826242
2021-05-24 17:00:00 4.983660 3.318825 3.799380
2021-05-23 17:00:00 5.405405 5.405405 3.843375
2021-05-22 17:00:00 3.506721 3.506721 3.920079
2021-05-21 17:00:00 3.264925 3.264925 4.089796
2021-05-20 17:00:00 5.433186 5.433186 4.203484
2021-05-19 17:00:00 4.624592 4.624592 4.399129

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 4.389777 4.389777 5.980967
2021-05-24 17:00:00 3.570404 10.195010 5.885008
2021-05-23 17:00:00 5.629008 5.629008 5.887844
2021-05-22 17:00:00 5.434141 5.434141 5.945850
2021-05-21 17:00:00 5.704856 5.704856 6.034890
2021-05-20 17:00:00 6.853434 6.853434 6.184094
2021-05-19 17:00:00 6.017358 6.017358 6.306143

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 5.707932 5.707932 6.870978
2021-05-24 17:00:00 12.803532 3.525836 6.702886
2021-05-23 17:00:00 5.664373 5.664373 7.005630
2021-05-22 17:00:00 7.598784 7.598784 7.071030
2021-05-21 17:00:00 10.817455 10.817455 7.303805
2021-05-20 17:00:00 9.884527 9.884527 7.468913
2021-05-19 17:00:00 6.243996 6.243996 7.633371

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 0.282486 0.282486 1.123320
2021-05-24 17:00:00 0.609756 0.609756 1.137048
2021-05-23 17:00:00 1.145038 1.145038 1.266168
2021-05-22 17:00:00 0.797872 0.797872 1.321423
2021-05-21 17:00:00 1.906780 1.906780 1.434564
2021-05-20 17:00:00 1.271186 1.271186 1.546643
2021-05-19 17:00:00 1.732283 1.732283 1.778201

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 4.968944 4.968944 7.400754
2021-05-24 17:00:00 6.463878 6.463878 7.918747
2021-05-23 17:00:00 8.536585 8.536585 7.753675
2021-05-22 17:00:00 4.483837 4.483837 8.145951
2021-05-21 17:00:00 7.810321 7.810321 8.385529
2021-05-20 17:00:00 8.558559 8.558559 8.306906
2021-05-19 17:00:00 11.146497 11.146497 8.643312

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 3.370787 3.370787 4.439996
2021-05-24 17:00:00 8.771930 2.770083 4.326640
2021-05-23 17:00:00 7.951070 7.951070 4.422910
2021-05-22 17:00:00 2.507837 2.507837 4.439572
2021-05-21 17:00:00 3.968254 3.968254 4.530625
2021-05-20 17:00:00 5.106888 5.106888 4.633715
2021-05-19 17:00:00 6.990521 6.990521 4.812246

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 5.873526 5.873526 7.190006
2021-05-24 17:00:00 4.360346 4.360346 7.018760
2021-05-23 17:00:00 7.504846 7.504846 7.189812
2021-05-22 17:00:00 6.973501 6.973501 7.233015
2021-05-21 17:00:00 8.063192 8.063192 7.430324
2021-05-20 17:00:00 7.928532 7.928532 7.672762
2021-05-19 17:00:00 9.170228 9.170228 8.010564

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 13.276956 13.276956 19.431882
2021-05-24 17:00:00 8.852868 45.511222 18.893529
2021-05-23 17:00:00 23.702422 23.702422 19.240707
2021-05-22 17:00:00 17.631463 17.631463 19.411822
2021-05-21 17:00:00 16.598454 16.598454 19.745526
2021-05-20 17:00:00 21.012520 21.012520 20.160043
2021-05-19 17:00:00 23.044172 23.044172 20.353425

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 1.730532 1.730532 2.227892
2021-05-24 17:00:00 3.021148 3.021148 2.297434
2021-05-23 17:00:00 1.519757 1.519757 2.351905
2021-05-22 17:00:00 1.640881 1.640881 2.407196
2021-05-21 17:00:00 2.754098 2.754098 2.555501
2021-05-20 17:00:00 2.317554 2.317554 2.618030
2021-05-19 17:00:00 2.740270 2.740270 2.754842

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 5.530776 5.530776 6.428846
2021-05-24 17:00:00 7.840697 7.840697 6.248231
2021-05-23 17:00:00 5.026399 8.268215 6.154014
2021-05-22 17:00:00 5.774625 5.774625 6.160334
2021-05-21 17:00:00 5.840540 5.840540 6.201345
2021-05-20 17:00:00 5.616126 5.616126 6.264967
2021-05-19 17:00:00 7.826087 7.826087 6.349261

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 3.418124 3.418124 5.254285
2021-05-24 17:00:00 7.531509 5.617449 5.283328
2021-05-23 17:00:00 5.994037 5.994037 5.363454
2021-05-22 17:00:00 4.826749 4.826749 5.439711
2021-05-21 17:00:00 5.372807 5.372807 5.536965
2021-05-20 17:00:00 6.859737 6.859737 5.688157
2021-05-19 17:00:00 5.160412 5.160412 5.796854

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 7.227332 7.227332 7.219121
2021-05-24 17:00:00 5.882353 7.258065 6.964191
2021-05-23 17:00:00 6.451613 6.451613 7.099945
2021-05-22 17:00:00 6.779661 6.779661 7.149223
2021-05-21 17:00:00 7.922535 7.922535 7.334219
2021-05-20 17:00:00 7.246377 7.246377 7.926414
2021-05-19 17:00:00 6.518724 6.518724 8.141321

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 13.548387 13.548387 9.788520
2021-05-24 17:00:00 17.857143 3.225806 9.860769
2021-05-23 17:00:00 8.426966 8.426966 9.866880
2021-05-22 17:00:00 12.444444 12.444444 9.717042
2021-05-21 17:00:00 9.090909 9.090909 10.394624
2021-05-20 17:00:00 12.587413 12.587413 10.878768
2021-05-19 17:00:00 11.979167 11.979167 11.270849

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-25 17:00:00 6.129530 6.129530 8.525084
2021-05-24 17:00:00 11.709602 11.709602 8.452887
2021-05-23 17:00:00 7.319758 7.319758 8.639730
2021-05-22 17:00:00 5.958747 5.958747 8.829030
2021-05-21 17:00:00 10.406381 10.406381 9.227092
2021-05-20 17:00:00 10.180681 10.180681 9.478312
2021-05-19 17:00:00 10.649185 10.649185 9.838834

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.962963 2.962963 5.423952
Basilicata 10.288066 10.288066 12.795574
Calabria 3.840925 3.840925 6.215845
Campania 5.516685 8.248116 6.595669
Emilia-Romagna 6.945643 14.214840 14.907064
Friuli Venezia Giulia 2.439024 2.439024 2.710504
Lazio 2.464789 2.464789 3.066793
Liguria 2.485457 2.485457 3.826242
Lombardia 4.389777 4.389777 5.980967
Marche 5.707932 5.707932 6.870978
Molise 0.282486 0.282486 1.123320
P.A. Bolzano 4.968944 4.968944 7.400754
P.A. Trento 3.370787 3.370787 4.439996
Piemonte 5.873526 5.873526 7.190006
Puglia 13.276956 13.276956 19.431882
Sardegna 1.730532 1.730532 2.227892
Sicilia 5.530776 5.530776 6.428846
Toscana 3.418124 3.418124 5.254285
Umbria 7.227332 7.227332 7.219121
Valle d'Aosta 13.548387 13.548387 9.788520
Veneto 6.129530 6.129530 8.525084

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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